第一卷提要：凉太郎作为一名白眼血继者救了女武士竹中明绘，却被武士抓入炎流岛作为忍术研究的实验品。炎流岛是一个类似大蛇丸研究基地和731部队一样的人体研究所。同行的还有竹中明绘的妹妹竹中美奈子。竹中美奈子也是血继者，她以自己的生命为筹码要求炎流岛的幕后主使星源大师务必保证凉太郎的安全。凉太郎在炎流岛中挣扎求存，并不断学习各种本领，心中只有一个信念：带着美奈子逃出炎流岛。在炎流岛上，凉太郎认识了几个良师益友，学到本领；还认识了一个红颜知己一起滚了床单。可惜这位红颜知己是一个被禁锢在傀儡中的鬼魂，他们之间注定没有结局。在经过一番努力以后，凉太郎终于取得实验区浅井课长的信任，从一名实验品转而成为了一名研究者。凉太郎在实验区如何转变成为大杀四方的忍术博士？他能救出美奈子吗？他与巫女傀儡的结局如何？
实验区在炎流岛的中心部位，连接工业区与物资调拔中心，但这里还并不是最核心的部分，在实验区内层，还有一片区域是禁区，星源大师就坐镇在那里，而四尾也是从禁区跑出来的，所以人们都知道，禁区里面的东西，才是炎流岛的核心所在。
凉太郎有了研究者的身份，所以在实验区里有了一个单人的公寓房间，左邻右舍都是实验区的低级实验员，或者是助理研究员。
另外，凉太郎还配了一个腰牌，这腰牌赋予了凉太郎一定的进出权限。比方说，这腰牌可以使凉太郎能自由进出实验区、工业区和物资调拔中心，不需要再向以前那样专门申请临时通行腰牌。
而军事区也就是江屏要塞是只有武士腰牌才能进入的，凉太郎需要专门申请临时腰牌或是到要塞那里请守卫帮忙通传。而军事区刚好在炎流岛的最外围，也就是说，除非凉太郎杀光军事区的武士，否则根本无法逃离。其实在炎流岛基地建立以后，也有不少研究者不能忍受禁闭一样的生活而意图逃亡，但无一例外的失败了。所以，研究者虽然级别更高，但也是受监视的对象，不能随意进出军事区。
至于禁区，则更是非请勿入，只有主管级别的才有资格申请进行，凉太郎这样的小小助理研究员连申请通传的资格都没有。
另外，凉太郎还能进出实验区的图书馆。图书馆的一楼是一些比较常用和基础的图书和资料，二楼以上需要主管级别才能进。
当然，另有一些研究资料和书籍是保存在不同课题组的自主分区中的，不同课题组只能进出自己课题组相应的区域。比如说，负责研究傀儡制作的课题组只能进出自己课题组的区域，不能查看其他组的研究资料。
凉太郎跟随浅川敦进入的是一个医学研究部，部长是酒井幸辉。实验区总共有三大部，除了医学研究部以外，还有妖术研究部和傀儡研究部。顾名思义，医学研究部是专门从医学角度进行各种禁忌研究的；而妖术研究部则负责将失传的忍术复原重现；而傀儡研究部则是研究各种机械改良的部门。
在医学研究部里又分为了若干个研究组。在日本一般具有一个独立行使和管理的科室或部门分为 “课”！所以，医学研究部下设三个课，其中药剂课专门研究杀人的毒药和增强体能的秘药。当前的专门课题是改良秘药“武士魂”。这“武士魂”的厉害凉太郎早已在重田圭悟身上领教过了。它使重田圭悟这一个四级武士一下变成了六级，而且不知疼痛不畏剧毒，险些杀死凉太郎。只是这“武士魂”的秘药在使用过后，使用者会因体能耗尽，组织器官负荷过大而死去，另外还有很多副作用。当前该项目的任务就是消除和降低这些副作用。
除了药剂课外，医学研究部之下还分为基因课和医疗课。基因课负责的是从基因上改造和融合各种血继，以及复制人体。慧滨大师只为在这方面有较深的研究，作为客座研究法师在此研究。不要小看这种研究的厉害。在史上有很多厉害的血继，如写轮眼、木遁等血继，若是能够融合移植到普通人体中，则会使普通人也拥有强大的力量。另外，慧滨大师所研究的专项课题是复制人体。这一禁术是星源极其想要得到的一项足以扭转战局的术。星源期望能够以某位强者为模版，复制出一大批具有强大战力的复制体，然后冲向战场。最重要的是，这种复制体可以源源不断的提供，不必担心兵源问题。在火影世界中，白绝并不强，但复制出数万复制体，依然给了忍者大军很大的困扰。若是星源复制出一批自己，指挥他们去战斗，耗也把雷之国和水之国耗死了。
医疗课则负责的是进行现有医术的改良。其中最重要的一个项目就是美奈子，美奈子的血液可以治疗各种伤患，而医疗课则不断研究其血液中的秘密。星源大师期望能以美奈子为模板开发出拥有超强自愈能力的术或是装备。若是在战场之上无论受了什么伤都能片刻即愈，那么无论是对士气还是战力都有重要影响。
星源大师最想研究成功的是几大禁术。一个就是上文提到医学研究部的复制人体； 另外还有妖术研究部的封印尾兽、秽土转生和空间忍术；最后就是傀儡研究部的六道操控和雷导炮。这几项研究都是足以决定战争胜负的大杀器。
这封印尾兽自然不必说，如果能成功地将尾兽与人体结合，所发挥出来的威力甚至还在单个尾兽之上。而秽土转生更是无往而不利，不断地将死者转生出来，打不死还无限查克拉，只能靠封印术才能解决。在火影中若非鼬神解决了兜，战争也没那么快打完。而在现在，会使用封印术的毕竟是少数人，在战场上出现一批打不死的秽土转生者，足以匹敌十万大军。
而六道操控也是厉害非常，这种研究想法脱胎于轮回眼操控尸体。星源的设想是这样的，由一批僧侣每人操控数个由尸体制作而成的傀儡，这种操控只需要将僧侣的神经与傀儡建立连接即可遥控，不需要学习傀儡术。在战场上，傀儡打坏了可以再造，只要操控者躲在安全地方即可。
雷导炮则是非常厉害的杀伤性武器，和之国一统风土火三国，只剩水之国和雷之国未灭。水之国主要因为孤悬海外，地域情况复杂，又有天然迷雾帮助，所以一时难破。而雷之国的最大依仗就是雷导炮。雷导炮在战四尾时出现过，但这只是山寨版的雷导炮，真正的雷导炮射速更快，威力更快，而且更加小巧。
空间忍术则能够将个人乃至整个部队进行空间传送。火影动漫中四代火影的飞雷神之术则是一种将空间忍术运用到战斗中的忍术，施术者在战斗中将自己不断传送到各个不同的地方，令敌人无法捕捉到，最终敌人只能被动挨打。而在军队战争中，若是能将整个部队传送到敌人后方去，那也就意味着完全掌握了战争主动权。只是现在空间忍术还没有完善，不但定位困难，常常出现偏差，还有极大的生命危险，比如说只把自己传送一半，上半身传送走了，下半身还在原地，立刻死透了。再有就是空间忍术的消耗太大，需要大量的灵力，因此一个人往往无法施展，需要大批人员一同施展才行。所以当前空间忍术就是个鸡肋，食之无味，弃之可惜。成本巨大，风险极高，只因为有美好的前景，才吸引着星源不断去研究和改良它。只可惜这美好的前景就像是镜中花，水中月一般，看得见，却总也摸不到边。
最让星源痛心的是，他的这些设想都是以前在忍者世界繁盛时期出现过的，但随着忍者的没落而失传。他作为一个高僧，不得不站在忍者的对立面上，但却又非常羡慕忍术的强大。如今他倾尽全力，只想将以前的忍术重新拾起，这样自己就成为这些术法的创始人，到时这些忍术将改头换面以佛家术法的面目出现。想到这样的荣光，星源就热血澎湃。在禁区中，星源大师在感于此，拍案而起：“若能研究成功这些术，到那时，什么东瀛五杰、天照神榜排名都要废掉，上天下地，唯我星源独尊。”