朝廷上“国本之争”早已结束，储君已立，按祖制身为福王需立即赶往封地，确赖在皇宫不走。京城又是“妖言”四起，暗指郑家图谋不轨，窥视储君之位。内阁大臣上万言奏请福王离京，恐起“国本之争”。
万历发脾气说我自家事，三皇子舍不得与母亲分离，舐犊情深你们管的着吗？大臣认为皇家无家事，关乎社稷安危。郑贵妃提出给予补偿，皇上答应把矿监税三千万黄金给福王，郑贵妃又提出要四万倾地，相当于四百万亩良田。
大臣反对，皇太后出面才减到2万倾地，大臣们为了让福王走，给洛阳知府、湖广知府商议才凑足2万倾地。
朝廷清楚知道女真对明朝的威胁，万历最敏感、最担心他政权不稳定被别人抢走，所以下旨督促兵部做战事安排，户部准备钱粮，户部准备了一年多时间，把农业税收守上来，才刚刚凑好打仗的钱粮，这一下又空了。
兵部制定了出兵计划，明军集全国之兵，分四路进兵；一路由驻守开原的守军马林带三万人马由北向南；一路由浙兵、蓟县兵马驻扎抚顺的守军杜松带2万人马向东，杨镐命令他们两路在同一天会合二道关。
一路由李如柏率2万辽兵同一路四川刘挺率4万人马，合攻女真老巢赫图阿拉。
熊庭弼反对杨镐的作战计划，认为女真兵强集中兵力都无把握取胜，分兵更是给女真有可乘之机。杨镐骂他长他人志气，兵事不用他操心。两人大吵一架，杨镐是辽东经略统管辽东战事，根本不管他的建议。
杜松离二道沟最近，他提前一天到达萨尔浒，心想我第一个到，如果取胜就是首功一件。看见东面苏子河对面的界凡山有女真族人建城堡，就率1万人马渡过苏子河，向建城的女真族人发起攻击。
女真族人是全民皆兵，边劳动边练兵，见杜松杀来放下手里的工具，从背上取下弓箭与明军对射。明军副将倒是机敏，率1万兵马在萨尔浒山上扎寨；一是如果杜松不敌他可以支援。二是如果杜松攻击顺利占领界凡山可以两面成掎角之势，互相支援。
这时女真大队人马赶到，不管杜松一心攻击萨尔浒明军营寨。明军都是南方兵，身穿单衣、单鞋，又是刚刚赶到，辽东寒冷早就吃不住，跟自己关系又不大，女真几个冲锋，箭头又准、又狠、又远，明军顶不住了，开始四散逃跑，被女真追杀。
对面的杜松见不妙想回援，建城堡的女真族人反向他进攻，杜松脱不开身，眼见1万明军被追杀，女真大军解决完萨尔浒的明军后，调头越过苏子河朝杜松背后杀来，两面夹击之下杜松中箭身亡，2万明军全部被歼。战斗仅仅用了五个小时，这就是著名的明朝与女真决战“萨尔浒”战役。
第二天马林带3万明军气喘吁吁赶到萨尔浒不见杜松，正在诧异，四周冒出等待多时的女真兵马，一阵箭雨明军倒地，顿时炸开了锅，开始各自逃跑，被追杀死伤大半，马林也被杀身亡。
杨镐得知两路大败，急忙派信兵通知另两路人马撤退，此时刘挺率四川兵四万人马已经到离赫图阿拉三十里处，迎面遭到女真兵马的拦截，仗着刘挺的武艺高强且战且退，明军尚可支撑，突然北面出现杜松的明军，刘挺大喜急忙向明军靠拢，谁知走近一看是女真人假扮的。
原来努尔哈赤的二贝勒代善见久攻不下，就让士兵穿着杜松士兵的衣服给刘挺突然打击，明军一时大乱，刘挺再也控制不住队伍，带着一部分亲兵往回杀，他手里大刀一百二斤重加上刘挺魁梧的身躯一百八十斤，战了多时马承受不起，突然马失前蹄把刘挺摔下马来，被女真兵追上乱刀砍死。
李如柏率2万辽兵正在半途，听说明军大败，起身要走，突然后方出现女真兵的身影，李如柏命令撤退，辽兵却慌做一团，互相残踏，自己踩死自己一千多人，后来发现只有二十几个女真兵敲着锣，吹着哨子。
萨尔浒一仗以女真全胜而归，以明军全败而亡，后人对努尔哈赤给予很高的评价称“历史上最经典的以少胜多的战役。”
熊庭弼听说此事后，马上派兵抓住杨镐押送京城，朝廷也下令李如柏卸职到京城解释。准备了一年耗尽国库，集全国之兵的战役就这样收场，从此明朝再也无力组织一场有效的对女真部落的打击。
万历听后，本来病入膏肓的身体昏倒在地，兵部侍郎，尚书马上辞职，内阁大臣集体弹劾杨镐、李如柏。万历醒来后下旨杨镐午门淩死，李如柏由刑部候审。
刑部追问李如柏为什么在只有二十几个女真兵情况下，出现如此状况，问他平时如何管理部队的？李如柏本是心气极高之人，那受过如此侮辱，只说不知实情。
刑部有位官员突然问他，四路兵马唯有你部未受攻击，听说努尔哈赤曾是你爹部下，同事许久，是不是你和李成梁合谋，勾结努尔哈赤陷我军于危难。
这句话听的李如柏大惊失色，刑部官员如何问他，都一言不发，当晚在刑部大牢幢墙而死，萨尔浒一战明军所有大将全部身亡。
此时老四李如樟已出任广西副总兵。消息传到辽东李成梁夫妇哭的死去活来，老夫人哭昏几次，安葬完李如柏，老将军召集全家男丁开会。交代李斌速给老四、老八写信，让他们不要给朝廷干了，我戎马一生，征战杀场多年，为大明立下汗马功劳，老了却落到如此下场，白发人送三个黑发人。指着李如梅、李如捂、李如锌说：“从今往后你们都听小九的，他的话就是我的话，他让你们往东你们不能往西，得功劳他给你们就要，不给你们也理所当然，不能有半点怨言，你们听见了吗？”