蔡善继接受了巡抚的招安，成为了福建水师中的一员官员。蔡善继被福建巡抚安排在水师中，也算是物尽其用了，蔡善继带领着那些一起被招安的部下，被编入了水师中抵抗海盗和荷兰人的队伍中。蔡善继受到了重用，对于郑芝龙来说这，无疑是一个非常好的消息。
于是郑芝龙接受招安一事便再无顾忌，郑芝龙将所有的部下都进行了遍整，之后在福建巡抚的要求下郑芝龙率领部下，对抗在台湾海峡继续横行的海盗倭寇，以及荷兰人。郑芝龙凭借着自己优异的人力，以及自己在人数上的优势，多次的挫败了荷兰人以及当年，那些称兄道弟的海盗的阴谋。
崇祯六年早已经是福建总兵的郑芝龙，再次率领着部下从金门出发，击败了荷兰人的船舰。这次战争被称为，金门海战。在此之前郑芝龙已经返回过了郑氏的老家，福建泉州的南安。郑芝龙成为了为数不多的几个，不但迎娶了倭寇女，同时作为海盗被朝廷招安。还能回到老家，郑芝龙这样的海盗式少之又少的。也是因为郑芝龙在泉州从来都是劫富济贫，所有郑氏一族族长，对于郑芝龙并没有厌恶。
郑芝龙自己的人生经历，足以是见得是极其的不同寻常。
靠着当海盗抢夺来的资源，郑芝龙快速的成为了泉州的首富，称霸一方。而作为击败了荷兰人的英雄，郑芝龙获得了从福建到台湾，再到澎湖以及本州的海权。大明王朝自从郑和七下西洋后，航海一事便渐渐地被明朝的其他皇帝所抛弃了。
国库空虚，每年的税收尚且不足以支持国家开支，又怎么还会有剩余的钱财来给他人白送？当商人们发现了海运是一件极其快捷的获取财富的道理后，江南商户七八户闭门出海，剩余两户也是在收集瓷器或者是茶叶。只是朝廷对于商业，从来是采取打压的模式，于是当越来越多的商人要出海后，大明王朝便颁布了禁海令。
沿海住民凡不往内地迁移八十里之人，将会被朝廷处罚。
所有郑芝龙不费吹灰之力就得到了整个东海，南海的所有海域权，明思宗朱由检为了表示对于郑芝龙的嘉奖，并没有为难郑芝龙的上奏。皇帝很快速的就批阅了郑芝龙的奏折，这也使得已经的郑成功有了与大清朝，对抗的资本。
郑芝龙将自己手下的兄弟，派往南亚等地收取各国的商船船舶的停靠费用，郑芝龙也因为这个原因，财富越积越多。明朝建国初年，江南有一方首富，富可敌国，人称沈万三。如今的郑芝龙，便依靠着这样的商业方式，快速的发家致富。郑芝龙此时此刻，就俨然是成为了闽南地区的海上霸主，就算是此时的福建巡抚，对于郑芝龙也是无可奈何。
而明思宗在燕京城一点也不知道，自己的帝国中已经有了一个人，在钱财上已经威胁到了自己的皇位的安全。这就是一个封建君主的愚昧，夜郎自大的心理显露无遗。天朝上国的美梦一直没有清醒过来，闭门造车的眼光，总是如此的短浅。
郑芝龙将海盗式商业发展，已经是延续到了不少地方。比如一旦向郑家交了保护费的船只，便会得到一只郑家旗。这种郑家的令旗就是同行的证明。在整个郑芝龙控制的海域，只看郑家令旗。若是没有郑家令旗，只怕是难逃被 抢 的命运。郑芝龙如此翻脸不认人，如此蛮横的做法，领荷兰东印度公司苦不堪言。
于是荷兰人不再满足于，向郑芝龙交付保护 费，以求得到通过。荷兰人想要找到别人，将郑芝龙取而代之，只是郑芝龙的势力在多次的战争和角逐之下，不但是没有任何的消散和减退。反倒是令郑芝龙的队伍更加的壮大不少。荷兰人锲而不舍的联合他人，想要将郑芝龙取而代之，只是荷兰人与其他海盗之间的交流并不是真的很流畅，所有荷兰人多次的出兵，都被郑芝龙打败。
郑芝龙多年财源滚滚，与朝廷形成了鲜明的对比，荷兰人不能打败郑芝龙，反倒是总是被郑芝龙打败。所有荷兰人不得不最后屈服，而大明朝朱氏一族，因为北方尤其是陕北的旱灾没有缓解，朝廷贪墨事件，早已经没有了办法制止。朝廷的赈灾欠款，能够进入灾区的，还不足一分。
官员不作为，百姓怨声载道，在外面的北方燕京城仅仅是几百公里的山海关外，女真族联络着蒙古人贼心不死。对于海外尤其是台湾，明思宗早已鞭长莫及。要是郑芝龙能够很好的将台湾收在自己的手中，对于明思宗来说这又何尝不是一件，非常好的事情呢？
郑芝龙就这样在朝廷默许的情况下，得到了整个南洋一片海域的霸权。
除了东洋的日本之外，还有就是南洋的吕宋岛，旧港等不少的地方都是郑芝龙活的的区域。而除了那些年跟随郑芝龙自己的海盗之外，郑芝龙一直都明白自己一直不能被打败，是因为自己拥有足够多的兵力。除了早些年的海盗，郑芝龙一直扩大自己的编制，包括有朝鲜人，倭寇、南岛语人，一些孔武有力的黑人。
郑芝龙一直都在发展，壮大。从几百人到几千人，再到如今横行霸道的上万人的兵力，船只从几艘到几百艘，再到三千艘大小不一样的舰船。郑芝龙的船队是，很多人都望尘莫及的。明思宗知道郑芝龙的野心，但是到底还是皇帝，所以明思宗想要坐收渔人之利。
郑芝龙再次击败了荷兰人后，明思宗以福建周边海盗猖獗为由，给郑芝龙一纸诏书，令郑芝龙在福建率领水师剿灭海盗。除了郑芝龙之外，南洋势力中佼佼者还有一个刘香。明思宗不知道郑芝龙的舰队是足够的强悍，以至于在虎门郑芝龙将刘香的势力全部歼灭。
郑芝龙的声望经过这场虎门战役后，再次声名鹊起。明思宗只能安抚郑芝龙，将郑芝龙授予官职，官拜福建都督。都督这个职位，在三国里乃东吴将军周瑜的官衔，虽然只是一个福建都督。可是依旧还是可以看出来，郑芝龙在福建也好在大明朝皇帝心中也罢。一定也是一个足以让人忌惮的人物。明思宗朱由检生性好猜忌，不然也不会再与努尔哈赤作战中，怀疑袁崇焕，使得大明朝兵败如山。
郑芝龙在明思宗的心目中，定然也不会是一个值得信任的人。
崇祯三年在陕北蔓延的旱灾，一路南下到了江南以东的福建。整个福建谷雨没有，到了小暑时节更是没有半点梅雨的样子。福建干旱让百姓怨声载道，官府救济救救不至。到了下半年整个田地颗粒无收。福建大半百姓陷入贫困，郑芝龙的军事书生建议，将福建的百姓迁移到台湾。
这个时候荷兰人已经被郑芝龙所用武力震慑了，所以在台湾荷兰人依旧存在，但是也要给郑芝龙三分颜面才是。荷兰人在台南整个地界驻防也只有区区两千人，而郑芝龙凭借着自己船舰的优势，将近万人迁移到了台湾的其他地区。
得到了郑芝龙的恩惠的人，怎么会不感念郑芝龙在这个时候伸出来的援助之手呢？郑家在台湾那就是皇帝一样的存在，台湾无郑氏不立。
郑芝龙除了把持了南洋的商业贸易之外，更是建立了整个闽南地区与本州岛的贸易联系。在本州岛统治的德川幕府官僚，与大明王朝一样的实行闭关锁国。不允许除了东周之外的其他人在本州岛停泊，郑芝龙本来就迎娶了德川幕府官僚中一员的女儿。与其他人相比郑芝龙在幕府中更加受到欢迎。
除了对郑芝龙开放港口，荷兰人因为打败了西班牙人统治了台湾以南的台南地区，使得台男与本州岛更加近。所以荷兰人也有机会在本州岛的港口上交易。只是，到底还是比不上郑芝龙那么受信任。郑芝龙依靠着于幕府之间的商业交易，再依靠着南洋整片海域的保护费的收取。财富的积累，以可以看见的速度在增长着。
郑芝龙的财富在积累，人也更加的富有。
崇祯十三年，皇太极带领着部下攻占了锦州，明朝主力军将领带着部下投降皇太极。至此，大明朝驻军退守山海关。一旦皇太极强攻山海关，大明王朝的国都覆灭，就在顷刻之间。
明思宗崇祯十七年，大明朝灭亡明思宗朱由检自缢煤山，为大明王朝殉葬。李自成攻占燕京不过四十一日，因为没有统治也因为起义军之间内部的矛盾，大顺军耀武扬威的进入了燕京。然而到了一个月后因为山海关总兵吴三桂的叛变，大清朝摄政王孝庄皇太后从山海关进入，李自成逃离燕京城。
明思宗自缢，大明王朝覆灭，并不影响郑芝龙在福建的地位，反倒是因为郑芝龙有权，有财也有兵力。所以逃亡南方建立了南明企图与清朝继续对抗的，朱氏皇族更加要依靠郑成功。南明弘光皇帝册封郑芝龙为南安伯，镇守福建。全权负责福建全省的抗击清兵事物。
大清挥兵南下，而南明王朝内部一点也不安稳，反倒是争斗不断。最后郑芝龙反而支持了唐王称帝登基，唐王登基称帝年号隆武。因为从龙之功郑芝龙被册封为南安候，从伯到侯这是郑芝龙政 治 博弈的好处。