郑芝龙这个南安候负责南明所有的军事，隆武帝也仅仅是一个有名无实的皇帝而已。一时间郑芝龙的权势达到了顶峰，郑芝龙权倾朝野也是不为过的。隆武皇帝并不甘心自己是汉献帝，而郑芝龙是那个挟天子以令诸侯的曹孟德。
只是郑芝龙才是掌握了实权的人，郑芝龙并没有要与顺治皇帝争夺天下的野心，郑芝龙一点都不赞同隆武皇帝的要求，于是郑芝龙拒绝了隆武皇帝的要求。郑芝龙一点都不希望，自己赚的钱财，就这样毫无好处的就，白白的被消耗了。
顺治三年，年幼的顺治皇帝在摄政王多尔衮的扶持之下，早已经是入主了燕京城，顺治皇帝在崇祯十七年就已经到了紫禁城。郑芝龙作为掌握南明军权的人，自然是明白自己与女真人之间的差距。看见南明王朝多次被击败后，郑芝龙就已经是萌生退意。对于郑芝龙来说，只要能够抱住自己的富贵，是朱家人当皇帝，还是别人跟自己都是毫无关系的。
郑芝龙见南明朝根本不能抵抗清朝，于是便萌生了要投靠清朝的意思，郑芝龙与清朝的人暗中接触，谈判自己若是投降，究竟能够得到什么好处？只是这件事就算是暗中进行，也到底还是没有能够瞒住郑芝龙的长子郑成功。
郑成功自然是不会赞成自己父亲的话，经过多次的劝说，郑成功并没有成功。汉人尤其是书生，一向都是极其喜欢拜祭孔子。于是郑成功便前往孔庙哭诉，之后返回郑府郑成功对自己的父亲说，“自古忠孝不能两全，父亲大人要原谅孩儿的不孝。”郑成功便在第二日带领着自己的部下，前往台湾。
郑成功这些年作为长子，郑芝龙一直都是有心栽培的，所以郑成功在郑家军中的威望，一点也不低。郑成功虽然是不赞同父亲的举动，但是郑成功也是明白的，南明王朝内讧不断。各个王爷中，并没有一个是真正的王者。所以，郑成功并不选择在福建继续抗击清军。
郑成功选择前往台湾，养精蓄锐。
顺治三年，清军南下攻克了福建，其中有郑芝龙的不小功劳。隆武皇帝被清军擒获，后来史书记载“福京之亡，亡于郑芝龙之通款。”投降清朝的郑芝龙却遭到了清朝南征主帅的毁约。郑芝龙并没有得到自己所以为的能够被封王拜官，反倒是被押送到了燕京。
郑芝龙一辈子并没有进过燕京，到了晚年不但是舍弃了名声，还成为了阶下囚。郑芝龙作为一方名人，摄政王多尔衮考虑到其子郑成功还在台湾，于是郑芝龙以及郑家的其他家眷，被安置在燕京。郑芝龙被编入汉军正红旗，被顺治皇帝册封为子爵。
郑芝龙与南征的主帅商议的是，自己归降清朝是可以的，但是却必须待在福建。只是到底，最后郑芝龙也没有如愿，顺治十年郑芝龙被顺治皇帝晋封为同安侯。与郑芝龙相反的是，郑成功这个儿子在台湾，收复了不少的旧势力。渐渐地郑成功成为了那个，反抗清军最积极，最主要的势力。
郑芝龙知道自己这个儿子是不会听从自己的话，“父亲若是执意如此，若父亲一去不复返，孩儿来日自当为父报仇。”自己的儿子，郑芝龙当然是了解的，只是到底还是抱着侥幸心理，若是顺治皇帝的话，郑芝龙知道希望渺茫依旧还是去做了。
为了安抚郑成功，顺治皇帝也好，孝庄皇太后也罢对于郑芝龙一直都是礼遇有加的。郑芝龙比起其他投降的汉军，郑芝龙已经是优待有佳了。郑芝龙也知道自己如今的地位，与自己儿子息息相关。一方面，郑芝龙希望自己这个逆子不要投降，另外一方面，郑芝龙又希望自己的儿子能够投降。
郑芝龙多次的写不少的家书给自己这个儿子，但是郑成功从来没有回过一封信。顺治十二年郑芝龙被弹劾，纵子叛国。这是清朝对于郑芝龙失去耐心的表现了，这件事一度的闹得满城风雨。顺治皇帝希望郑成功能够顾念自己这个父亲，但是顺治皇帝或许还没有明白，在儒家书生眼中，投降清朝那就是一件折腰的事情。
郑成功当年哭祭孔庙，整个福建书生都是知道的，这个时候郑成功怎么会作出来那张打脸的事情？当年的郑芝龙在无形之间得罪了不少的人，墙倒众人推都是有道理的。郑芝龙下狱后，一样是明朝的降将，提督黄梧就上书顺治皇帝“叛臣家眷应当逐出燕京，发配盛京宁古塔。”
只是孝庄皇太后不允许，对于郑芝龙这件事孝庄皇太后依旧还是抱着希望。孝庄皇太后觉得，郑芝龙一定还是会有一定的仁心，对于自己的父亲汉人向来是注重孝道，郑成功不会不管自己的父亲的。顺治皇帝夺去了郑芝龙的爵位，郑芝龙自己一个人一直都在燕京生活。
直到顺治十七年，孝庄太后也是不再抱着过多的希望了，这个时候又正好有福建巡抚拦截了不少的信件，声称是郑芝龙与其子郑成功的私信。自从被夺去爵位后，郑芝龙就已经是真正的阶下囚了，别说是给郑成功写信了，就算是出门也是没有办法的事情。所以，这件事的真假但凡事知道事情始末的人，都是明白的。
也无非就是郑芝龙被顺治皇帝厌恶了，议政王大臣会议决定将郑芝龙以叛国罪处斩。之后，顺治皇帝又下诏将斩监后改判为，流放宁古塔。于是，郑芝龙便踏上了北国边陲之地。郑芝龙被流放，顺治皇帝特意公告天下，就算是远在台湾的郑成功也是能够知道的，只是到底郑成功还是放弃了与清朝谈判。
顺治十八年，顺治皇帝驾崩紫禁城，作为被皇帝任命的四大辅政之一的苏克萨哈便下令，处决在燕京囚禁的郑氏族人。而郑芝龙则是被就地在宁古塔处死。
郑芝龙被处死，而郑成功则在同一年三月于金门祭奠海军誓师，郑成功出征台湾荷兰人，这也是后来郑芝龙被发配之后，郑氏以一族人最后被处死的原因。郑成功出师台湾，清朝的议政王大臣很快的就明白了，郑氏一族人这是要以台湾为据点一直抵抗清军啊。
如此清朝又怎么能够允许这样的事情发生？所以不论是为了震慑郑成功也好，还是为了给其他投降的汉军警告也罢，郑芝龙必死无疑。
三月出海四月中旬郑家军就已经攻占了岛屿的安平镇，荷兰人在台南的驻守官兵一直没有增加，依旧还是不足五千人，两座修建好的堡垒。郑成功率领部下首先进攻台南，荷兰人一路是溃不成军，从人数上来说郑成功有着绝对的优势。而当年因为郑家缘故，定居在台湾的汉人有不少人是将荷兰人的情况，秘密地告诉了郑成功的。
这也是郑成功能够快速攻占台南的第二个原因，得民心。攻占了台南后郑成功开始休养生息，而不是意味的追求快速，到了五月郑成功攻占了台湾的东都，将东都改名为承天府。至此，整个岛屿全部归为郑成功统治。郑氏一族人便开始了，漫长的抗击清军，反清复明的路途。
从弘光皇帝被清朝豫亲王多铎攻陷扬州，在福建抓获后，郑成功就一直在江南一带躲避，也多次率领着部下与清朝的势力抗衡，郑芝龙投降清朝后，郑成功得到了隆武皇帝的重用。隆武皇帝眼中郑成功这个儿子比，郑芝龙这个父亲更加的让人放心。
与郑芝龙一直表现出来的不愿意，或者是推诿不同，郑成功一直对于反清复明是积极的。所以隆武皇帝对于郑成功一直都是非常喜欢的，隆武皇帝不但将郑成功赐国姓朱，还给郑成功加官进爵。
只是一切的发展都是不利于郑成功的，三省王爵足以让郑芝龙这个只要有荣华富贵的人安心，但是郑成功却不是这样认为的。隆武皇帝并没有比弘光皇帝幸运多少，在短短一年的时间里，隆武皇帝也被清军围剿。郑成功只能逃亡他处，从清顺治皇帝三年开始，到顺治十八年，因为对于女真人“留发不留头”剃头令的不满。越来越多的人，加入了反清复明的斗争之中。
而郑成功就是其中最为厉害的一只队伍，多年里郑成功一直在江南，尤其是在福建的金门多地活动，顺治皇帝年间郑成功一直没有放弃与清朝之间的对抗。直到顺治十八年，郑成功听从了谋士的建议，以台湾为据点，这样才有一个后方粮源之地。
也是因为郑成功收复了被荷兰人侵占了三十多年的台湾，所以郑成功之子郑经才有了后来，十多年继续抗清的根本所在。
平定三藩中，郑氏一族乘机在沿海的福安，金门等多地出兵，一度的占领了泉州等地。当初耿精忠叛变后，便一度的以书信联络郑经，希望郑经能够出兵攻占福建。后来耿精忠与郑经之间的合作，一直分分合合。耿精忠一度的认为郑经兵力太少，难成大器。这个时候两支队伍的矛盾，越演越烈。反倒是后来康熙皇帝得到了消息。